Пакунок: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 and others)

[ Source: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Tags: Software Development: Perl Development, Бібліотеки, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Development Library, Program

Інші пакунки пов'язані з libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl-інтерфес до базданих (DBI)

• dep: libwww-perl

  Простий й послідовний програмний інтерфейс до всесвітнього павутиння

• dep: pdl (>= 1:2.054-1) [alpha]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  dep: pdl (>= 1:2.088-2) [hppa]

  dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1) [not alpha, hppa, ia64]

• dep: pdlapi-15 [alpha]

  virtual package provided by pdl

• dep: pdlapi-20 [not alpha]

  virtual package provided by pdl

• dep: perl [alpha]

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  dep: perl (>= 5.38.2-5) [hppa]

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [not alpha, hppa, ia64]

• dep: perlapi-5.32.1 [alpha]

  Пакунок недоступний

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  virtual package provided by perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [hppa]

  Пакунок недоступний

• dep: perlapi-5.40.0 [not alpha, hppa, ia64]

  virtual package provided by perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

Завантажити libtfbs-perl

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	0.7.1+ds-1	229.0 kB	992.0 kB	[список файлів]
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[список файлів]
arm64	0.7.1+ds-4+b1	216.7 kB	1,029.0 kB	[список файлів]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	981.0 kB	[список файлів]
armhf	0.7.1+ds-4+b1	215.8 kB	977.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	0.7.1+ds-4	219.0 kB	981.0 kB	[список файлів]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217.0 kB	981.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	0.7.1+ds-3	218.4 kB	985.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	215.6 kB	981.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	1,030.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	1,029.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217.3 kB	1,029.0 kB	[список файлів]
riscv64	0.7.1+ds-4+b1	216.6 kB	977.0 kB	[список файлів]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	981.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	219.2 kB	1,029.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	1,991.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[список файлів]