Paket: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 und andere)

[ Quellcode: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Markierungen: Software-Entwicklung: Perl-Entwicklung, Bibliotheken, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek, Programm

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  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl

libtfbs-perl herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4	218,0 kB	1.029,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.7.1+ds-4+b1	216,7 kB	1.029,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217,6 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.7.1+ds-4+b1	215,8 kB	977,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	217,9 kB	982,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217,0 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-3	218,4 kB	985,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	215,6 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216,5 kB	1.030,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	217,6 kB	1.029,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217,3 kB	1.029,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.7.1+ds-4+b1	216,6 kB	977,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216,5 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	219,2 kB	1.029,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	1.991,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	981,0 kB	[Liste der Dateien]