Paket: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 och andra)

[ Källkod: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Märken: Software Development: Perl Development, Bibliotek, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Development Library, Program

Andra paket besläktade med libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libwww-perl

  simple and consistent interface to the world-wide web

• dep: pdl (>= 1:2.054-1) [alpha]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  dep: pdl (>= 1:2.088-2) [hppa, sparc64]

  dep: pdl (>= 1:2.089-1) [ej alpha, hppa, ia64, sparc64]

• dep: pdlapi-15 [alpha]

  virtuellt paket som tillhandahålls av pdl

• dep: pdlapi-20 [ej alpha]

  virtuellt paket som tillhandahålls av pdl

• dep: perl [alpha]

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

  dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  dep: perl (>= 5.38.2-4) [sparc64]

  dep: perl (>= 5.38.2-5) [ej alpha, ia64, sparc64]

• dep: perlapi-5.32.1 [alpha]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: perlapi-5.38.2 [ej alpha, armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuellt paket som tillhandahålls av perl-base

• dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]

  virtuellt paket som tillhandahålls av perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtuellt paket som tillhandahålls av libgd-perl

  eller libgd-gd2-noxpm-perl

  virtuellt paket som tillhandahålls av libgd-perl

Hämta libtfbs-perl

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-1	229,0 kbyte	992,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	0.7.1+ds-4	218,2 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	0.7.1+ds-4	218,6 kbyte	1.028,0 kbyte	[filförteckning]
armel	0.7.1+ds-4	219,3 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	0.7.1+ds-4	217,7 kbyte	976,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	219,0 kbyte	981,0 kbyte	[filförteckning]
i386	0.7.1+ds-4	218,9 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-3	218,4 kbyte	985,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	217,6 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	0.7.1+ds-4	218,3 kbyte	1.029,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	219,5 kbyte	1.028,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	0.7.1+ds-4	219,1 kbyte	1.028,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	0.7.1+ds-4	218,8 kbyte	976,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	0.7.1+ds-4	218,5 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	218,6 kbyte	1.028,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	218,2 kbyte	1.990,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	0.7.1+ds-4	218,1 kbyte	980,0 kbyte	[filförteckning]