Paket: rna-star (2.7.11b+dfsg-2 och andra)

[ Källkod: rna-star  ]

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

Märken: Biologi: Nucleic Acids, Field: Biologi, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andra paket besläktade med rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ej m68k, sh4, x32]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Paketet inte tillgängligt

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

  dep: libgomp1 (>= 6) [ej m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ej m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14) [ej m68k, sh4, x32]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

Hämta rna-star

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.7.11b+dfsg-2+b1	742,7 kbyte	3.088,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.7.11b+dfsg-2+b2	3.410,7 kbyte	22.204,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.7.11b+dfsg-2+b2	711,5 kbyte	2.700,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	2.7.11b+dfsg-2	725,4 kbyte	2.699,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314,5 kbyte	691,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	672,4 kbyte	2.998,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	744,2 kbyte	3.084,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.7.11b+dfsg-2+b2	745,0 kbyte	2.276,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.4.2a+dfsg-1	405,5 kbyte	734,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.5.2a+dfsg-2	361,0 kbyte	797,0 kbyte	[filförteckning]