Paket: rna-star (2.7.11b+dfsg-2 und andere)

[ Quellcode: rna-star  ]

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm, Zweck: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nicht m68k, sh4, x32]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nicht m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nicht m68k, sh4, x32]

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht m68k, sh4, x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.7.11b+dfsg-2+b1	742,7 kB	3.088,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.7.11b+dfsg-2+b2	3.410,7 kB	22.204,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.7.11b+dfsg-2+b2	711,5 kB	2.700,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	2.7.11b+dfsg-2	725,4 kB	2.699,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314,5 kB	691,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	672,4 kB	2.998,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	744,2 kB	3.084,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.7.11b+dfsg-2+b2	745,0 kB	2.276,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.4.2a+dfsg-1	405,5 kB	734,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.5.2a+dfsg-2	361,0 kB	797,0 kB	[Liste der Dateien]