Pakiet: rna-star (2.7.11b+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: rna-star  ]

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program, Przeznaczenie: use::analysing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nie m68k, sh4, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Pakiet niedostępny

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [nie m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14) [nie m68k, sh4, x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

Pobieranie rna-star

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.7.11b+dfsg-2+b1	742,7 KiB	3 088,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.7.11b+dfsg-2+b2	3 410,7 KiB	22 204,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.7.11b+dfsg-2+b2	711,5 KiB	2 700,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	2.7.11b+dfsg-2	725,4 KiB	2 699,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314,5 KiB	691,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	672,4 KiB	2 998,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-2+b2	744,2 KiB	3 084,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.7.11b+dfsg-2+b2	745,0 KiB	2 276,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.4.2a+dfsg-1	405,5 KiB	734,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.5.2a+dfsg-2	361,0 KiB	797,0 KiB	[lista plików]