パッケージ: rna-star (2.7.11b+dfsg-2 など)

[ ソース: rna-star  ]

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム, 目的: use::analysing, works-with::biological-sequence

その他の rna-star 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, m68k, sh4, x32 以外]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [m68k, sh4, x32 以外]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  パッケージは利用できません

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

  dep: libgomp1 (>= 6) [m68k, sh4, x32 以外]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  パッケージは利用できません

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [m68k, sh4, x32 以外]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14) [m68k, sh4, x32 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

rna-star のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.7.11b+dfsg-2	742.1 kB	3,087.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.7.11b+dfsg-2+b1	3,461.8 kB	22,228.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.7.11b+dfsg-2+b1	709.7 kB	2,700.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314.5 kB	691.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.7.11b+dfsg-2+b1	673.6 kB	2,998.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-2+b1	743.6 kB	3,084.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.7.11b+dfsg-2+b1	752.2 kB	2,276.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.4.2a+dfsg-1	405.5 kB	734.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.5.2a+dfsg-2	361.0 kB	797.0 kB	[ファイル一覧]