Paquet : rna-star (2.7.11b+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : rna-star  ]

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Il s’agit du logiciel STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) basé sur un algorithme, non décrit auparavant, d'alignement de RNA-seq qui utilise la recherche séquentielle de « graines  » pour une cartographie maximale dans des tableaux de suffixes non compressés suivis par le regroupement de graines (seed clustering) et la procédure de ligature (stitching). STAR surpasse les autres aligneurs d’un facteur supérieur à cinquante dans la vitesse de cartographie, alignant pour le génome humain 550 millions de lectures « paired-end » 2 × 76 pb par heure sur un modeste serveur de douze cœurs, tout en améliorant la sensibilité et la précision. En plus de la détection de novo neutre de jonctions canoniques, STAR peut découvrir les transcriptions de ligature non canonique et de fusion, et il peut aussi réaliser une cartographie des séquences d’ARN complètes. En utilisant le séquençage Roche 454 d’amplicons de réaction en chaîne par polymérase et transcription inverse, les auteurs ont validé expérimentalement 1960 nouvelles jonctions de ligature intergénique avec un taux de succès de 80- 90 %, corroborant la précision élevée de la stratégie de cartographie de STAR.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à rna-star

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non m68k, sh4, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [non m68k, sh4, x32]

• dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

  Paquet indisponible

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 14) [non m68k, sh4, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.7.11b+dfsg-2	742,1 ko	3 087,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.7.11b+dfsg-2+b1	3 461,8 ko	22 228,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.7.11b+dfsg-2+b1	709,7 ko	2 700,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314,5 ko	691,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.7.11b+dfsg-2+b1	673,6 ko	2 998,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-2+b1	743,6 ko	3 084,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.7.11b+dfsg-2+b1	752,2 ko	2 276,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4.2a+dfsg-1	405,5 ko	734,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.5.2a+dfsg-2	361,0 ko	797,0 ko	[liste des fichiers]