Paket: megadepth (1.2.0-4)

[ Källkod: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Andra paket besläktade med megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [ej amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Hämta megadepth

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	78,3 kbyte	266,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	68,9 kbyte	274,0 kbyte	[filförteckning]
armel	68,7 kbyte	273,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	69,1 kbyte	209,0 kbyte	[filförteckning]
i386	81,1 kbyte	273,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	68,8 kbyte	281,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	70,7 kbyte	279,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	81,5 kbyte	338,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	70,2 kbyte	262,0 kbyte	[filförteckning]