Paket: megadepth (1.2.0-4 och andra)

[ Källkod: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Andra paket besläktade med megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl3t64-gnutls (>= 7.16.2) [sparc64]

  easy-to-use client-side URL transfer library (GnuTLS flavour)

• dep: libdeflate0 (>= 1.0) [sparc64]

  fast, whole-buffer DEFLATE-based compression and decompression

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Hämta megadepth

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	78,4 kbyte	276,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 kbyte	275,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.2.0-4+b2	72,4 kbyte	275,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 kbyte	234,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 kbyte	178,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	80,2 kbyte	252,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 kbyte	274,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	99,7 kbyte	467,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	74,2 kbyte	260,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 kbyte	282,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	81,5 kbyte	339,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 kbyte	339,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.2.0-4+b2	79,8 kbyte	219,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 kbyte	271,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	91,8 kbyte	275,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	70,2 kbyte	1.047,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.2.0-4+b1	83,8 kbyte	258,0 kbyte	[filförteckning]