Pacote: megadepth (1.2.0-4)

[ Fonte: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Outros pacotes relacionados a megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [não amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, mipsel]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Download de megadepth

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	78.3 kB	266.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	68.9 kB	274.0 kB	[lista de arquivos]
armel	68.7 kB	273.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	69.1 kB	209.0 kB	[lista de arquivos]
i386	81.1 kB	273.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	68.8 kB	281.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	70.7 kB	279.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	81.5 kB	338.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	70.2 kB	262.0 kB	[lista de arquivos]