Paketti: megadepth (1.2.0-4)

[ Source: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Muut pakettiin megadepth liittyvät paketit

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [ei amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Imuroi megadepth

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	78.3 kt	266.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	68.9 kt	274.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	68.7 kt	273.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	69.1 kt	209.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	81.1 kt	273.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	68.8 kt	281.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	70.7 kt	279.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	81.5 kt	338.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	70.2 kt	262.0 kt	[tiedostoluettelo]