Пакет: megadepth (1.2.0-4)

[ Источник: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Другие пакеты, относящиеся к megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Загрузка megadepth

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	78,3 Кб	266,0 Кб	[список файлов]
arm64	68,9 Кб	274,0 Кб	[список файлов]
armel	68,7 Кб	273,0 Кб	[список файлов]
armhf	69,1 Кб	209,0 Кб	[список файлов]
i386	81,1 Кб	273,0 Кб	[список файлов]
mips64el	68,8 Кб	281,0 Кб	[список файлов]
mipsel	70,7 Кб	279,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	81,5 Кб	338,0 Кб	[список файлов]
s390x	70,2 Кб	262,0 Кб	[список файлов]