Paquet : megadepth (1.2.0-4)

[ Paquet source : megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Autres paquets associés à megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Télécharger megadepth

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	78,3 ko	266,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	68,9 ko	274,0 ko	[liste des fichiers]
armel	68,7 ko	273,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	69,1 ko	209,0 ko	[liste des fichiers]
i386	81,1 ko	273,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	68,8 ko	281,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	70,7 ko	279,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	81,5 ko	338,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	70,2 ko	262,0 ko	[liste des fichiers]