Pakiet: megadepth (1.2.0-4)

[ Pakiet źródłowy: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Inne pakiety związane z megadepth

• dep: libbigwig0 (>= 0.4.6+dfsg)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Pobieranie megadepth

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	78,3 KiB	266,0 KiB	[lista plików]
arm64	68,9 KiB	274,0 KiB	[lista plików]
armel	68,7 KiB	273,0 KiB	[lista plików]
armhf	69,1 KiB	209,0 KiB	[lista plików]
i386	81,1 KiB	273,0 KiB	[lista plików]
mips64el	68,8 KiB	281,0 KiB	[lista plików]
mipsel	70,7 KiB	279,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	81,5 KiB	338,0 KiB	[lista plików]
s390x	70,2 KiB	262,0 KiB	[lista plików]