Balík: last-align (963-2)

[ Zdroj: last-align  ]

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom last-align

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: parallel

  príprava a paralelné spúšťanie príkazových riadkov zo štandardného vstupu

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

• rec: python-pil

  Python Imaging Library (fork Pillow)

Stiahnuť last-align

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	737.1 kB	3,543.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	634.1 kB	3,139.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	576.2 kB	2,443.0 kB	[zoznam súborov]
i386	670.8 kB	3,655.0 kB	[zoznam súborov]