Balík: bedtools (2.31.1+dfsg-2 a iné)

[ Zdroj: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Suite, Purpose: use::analysing, use::comparing, Konverzia dát, use::filtering, works-with::biological-sequence

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bedtools

• dep: libbz2-1.0 [nie sparc64]

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [nie sparc64]

  komprimačná knižnica formátu XZ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie sparc64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie sparc64]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Stiahnuť bedtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	608.1 kB	2,458.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661.8 kB	2,106.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586.6 kB	2,007.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.31.1+dfsg-2	547.2 kB	1,817.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564.5 kB	1,313.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	621.0 kB	1,976.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.31.1+dfsg-2	727.9 kB	2,301.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	796.8 kB	4,272.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	623.5 kB	2,045.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582.9 kB	2,599.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	658.7 kB	2,710.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664.1 kB	2,518.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644.0 kB	1,603.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646.6 kB	2,162.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	752.8 kB	1,942.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.26.0+dfsg-5	460.9 kB	1,898.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.31.1+dfsg-2	665.9 kB	2,001.0 kB	[zoznam súborov]