Pacote: bedtools (2.31.1+dfsg-2 e outros)

[ Fonte: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Suíte, Propósito: use::analysing, use::comparing, Conversão de dados, use::filtering, works-with::biological-sequence

Outros pacotes relacionados a bedtools

• dep: libbz2-1.0 [não sparc64]

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [não sparc64]

  biblioteca de compressão para formato XZ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não sparc64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não sparc64]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Download de bedtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	608.1 kB	2,458.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661.8 kB	2,106.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586.6 kB	2,007.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.31.1+dfsg-2	547.2 kB	1,817.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564.5 kB	1,313.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	621.0 kB	1,976.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.31.1+dfsg-2	727.9 kB	2,301.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	796.8 kB	4,272.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	562.6 kB	1,880.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	623.5 kB	2,045.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582.9 kB	2,599.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	658.7 kB	2,710.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664.1 kB	2,518.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644.0 kB	1,603.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646.6 kB	2,162.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	752.8 kB	1,942.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.26.0+dfsg-5	460.9 kB	1,898.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.31.1+dfsg-2	665.9 kB	2,001.0 kB	[lista de arquivos]