パッケージ: bedtools (2.31.1+dfsg-2 など)

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ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: スイート (統合環境), 目的: use::analysing, use::comparing, データの変換, use::filtering, works-with::biological-sequence

その他の bedtools 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libbz2-1.0 [sparc64 以外]

高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, arm64, ia64, loong64, sh4, sparc64 以外]

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [sparc64 以外]

XZ 形式の圧縮ライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [sparc64 以外]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64 以外]

圧縮ライブラリ - ランタイム

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

bedtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	608.1 kB	2,458.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661.8 kB	2,106.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586.6 kB	2,007.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.31.1+dfsg-2	547.2 kB	1,817.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564.5 kB	1,313.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	621.0 kB	1,976.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.31.1+dfsg-2	727.9 kB	2,301.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	796.8 kB	4,272.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	562.6 kB	1,880.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	623.5 kB	2,045.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582.9 kB	2,599.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	658.7 kB	2,710.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664.1 kB	2,518.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644.0 kB	1,603.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646.6 kB	2,162.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	752.8 kB	1,942.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	2.26.0+dfsg-5	460.9 kB	1,898.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.31.1+dfsg-2	665.9 kB	2,001.0 kB	[ファイル一覧]