Пакунок: bedtools (2.31.1+dfsg-2 and others)

[ Source: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Suite, Purpose: use::analysing, use::comparing, Data Conversion, use::filtering, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з bedtools

• dep: libbz2-1.0 [not sparc64]

  Стискання файлів за алгоритмом Барроуза-Уїлера — виконавчий модуль

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, loong64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [not sparc64]

  Бібліотека стиснення даних у формат XZ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not sparc64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not sparc64]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Завантажити bedtools

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	608.1 kB	2,458.0 kB	[список файлів]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661.8 kB	2,106.0 kB	[список файлів]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586.6 kB	2,007.0 kB	[список файлів]
armel	2.31.1+dfsg-2	547.2 kB	1,817.0 kB	[список файлів]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564.5 kB	1,313.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	621.0 kB	1,976.0 kB	[список файлів]
i386	2.31.1+dfsg-2	727.9 kB	2,301.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	796.8 kB	4,272.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	562.6 kB	1,880.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	623.5 kB	2,045.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582.9 kB	2,599.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	658.7 kB	2,710.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664.1 kB	2,518.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644.0 kB	1,603.0 kB	[список файлів]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646.6 kB	2,162.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	752.8 kB	1,942.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2.26.0+dfsg-5	460.9 kB	1,898.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2.31.1+dfsg-2	665.9 kB	2,001.0 kB	[список файлів]