Пакет: bedtools (2.31.1+dfsg-2 и другие)

[ Источник: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Комплект, Цель: use::analysing, use::comparing, Преобразование данных, use::filtering, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к bedtools

• dep: libbz2-1.0 [не sparc64]

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, arm64, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [не sparc64]

  библиотека для работы с архивами в формате XZ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не sparc64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не sparc64]

  библиотека сжатия

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Загрузка bedtools

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	608,1 Кб	2 458,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661,8 Кб	2 106,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.31.1+dfsg-2+b1	586,6 Кб	2 007,0 Кб	[список файлов]
armel	2.31.1+dfsg-2	547,2 Кб	1 817,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564,5 Кб	1 313,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	621,0 Кб	1 976,0 Кб	[список файлов]
i386	2.31.1+dfsg-2	727,9 Кб	2 301,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	796,8 Кб	4 272,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	623,5 Кб	2 045,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582,9 Кб	2 599,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	658,7 Кб	2 710,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664,1 Кб	2 518,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644,0 Кб	1 603,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646,6 Кб	2 162,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	752,8 Кб	1 942,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.26.0+dfsg-5	460,9 Кб	1 898,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.31.1+dfsg-2	665,9 Кб	2 001,0 Кб	[список файлов]