Пакет: megadepth (1.2.0-4 и другие)

[ Источник: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Другие пакеты, относящиеся к megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl3t64-gnutls (>= 7.16.2) [sparc64]

  удобная библиотека для передачи данных клиента по URL (GnuTLS)

• dep: libdeflate0 (>= 1.0) [sparc64]

  быстрое сжатие и распаковка блоков данных на основе DEFLATE

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  библиотека сжатия

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Загрузка megadepth

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	78,4 Кб	276,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 Кб	275,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.2.0-4+b1	71,0 Кб	275,0 Кб	[список файлов]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 Кб	234,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 Кб	178,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	80,2 Кб	252,0 Кб	[список файлов]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 Кб	274,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	99,7 Кб	467,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 Кб	282,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	81,5 Кб	339,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 Кб	339,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.2.0-4+b2	79,8 Кб	219,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 Кб	271,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	91,8 Кб	275,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	70,2 Кб	1 047,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.2.0-4+b1	83,8 Кб	258,0 Кб	[список файлов]