Пакет: canu (2.0+dfsg-2 и други)

[ Източник: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Други пакети, свързани с canu

• dep: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Пакетът не е наличен

Изтегляне на canu

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1 182,4 кБ	8 799,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1 077,8 кБ	9 886,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1 027,4 кБ	9 663,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1 041,9 кБ	7 955,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1 317,8 кБ	10 030,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1 297,2 кБ	12 589,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1 351,8 кБ	12 568,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1 204,7 кБ	12 855,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1 073,5 кБ	8 954,0 кБ	[списък на файловете]