パッケージ: canu (2.0+dfsg-2 など)

[ ソース: canu  ]

一分子シークエンスゲノムアセンブラ

Canu は Celera Assembler のフォークで、（PacBio RS II や Oxford Nanopore MinION などの) 高ノイズ一分子シークエンシング向けに設計されています。

Canu は4つのステップで走る階層的アセンブリパイプラインです:

 * MHAP を用いた高ノイズシークエンスにおける重なり検知
 * 訂正一致シークエンスの生成
 * 訂正シークエンスのトリム
 * トリム済み訂正シークエンスのアセンブル

その他の canu 関連パッケージ

• dep: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  パッケージは利用できません

canu のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1,182.4 kB	8,799.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1,077.8 kB	9,886.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1,027.4 kB	9,663.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1,041.9 kB	7,955.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1,317.8 kB	10,030.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1,297.2 kB	12,589.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1,351.8 kB	12,568.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1,204.7 kB	12,855.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1,073.5 kB	8,954.0 kB	[ファイル一覧]