Package: mafft (7.505-1 and others)

[ Source: mafft  ]

Programa de múltiplos alinhamentos para amino ácidos ou sequências nucleotídeas

MAFFT é um programa de alinhamento de múltiplas sequências que oferece três métodos orientados a precisão:

 * L-INS-i (provavelmente o mais preciso; recomendado para <200

sequências;

   método de refinação iterativo incorporando informação de alinhamento
   pairwise),
 * G-INS-i (apropriado para sequências de comprimentos semelhantes;
   recomendado para <200 sequências; método de reginação iteractivo
   incorporando informação de alinhamento pairwise),
 * E-INS-i (apropriado para sequências que contếm grandes secções não
   alinháveis, recomendado para <200 sequências),

e cinco métodos orientados à velocidade:

 * FFT-NS-i ⁽método de refinação iterativo; apenas dois ciclos),
 * FFT-NS-i (método de refinação iterativo; máximo 1000 iterações),
 * FFT-NS-2 (rápido, método progressivo),
 * FFT-NS-1 (muito rápido, recomendado para >2000 sequências; método
   progressivo com uma árvore de guia rude),
 * NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~50,000 sequências; método
   progressivo com o algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  Biblioteca GNU C: Bibliotecas partilhadas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteca GNU C: Bibliotecas partilhadas
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• rec: blast2

  Package not available

• rec: libwww-perl

  Interface simples e consistente para a world-wide web

• rec: lynx

  classic non-graphical (text-mode) web browser

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[list of files]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[list of files]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kB	12,408.0 kB	[list of files]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[list of files]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[list of files]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	7.505-1	990.8 kB	11,911.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[list of files]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[list of files]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[list of files]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[list of files]