Package: mafft (7.505-1 and others)

[ Source: mafft  ]

Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

MAFFT je program pro vícenásobné sekvenční uspořádání, který provádí tři metody:

 * L-INS-i (pravděpodobně nejpřesnější; vhodná pro < 200 sekvencí;
   iterativní propracovaná metoda začlenění informací o místním
   uspořádání párů),
 * G-INS-i (vhodná pro sekvence podobných délek; vhodná pro < 200
   sekvencí; iterativní propracovaná metoda začlenění informací o
   globálním uspořádání párů),
 * E-INS-i (vhodná pro uspořádání obsahující rozsáhlé neuspořadatelné
   oblasti; doporučuje se pro < 200 sekvencí),
 a pět rychlostně-orientovaných metod:
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; pouze dva cykly),
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; maximálně 1000 cyklů),
  * FFT-NS-2 (rychlá; progresivní metoda),
  * FFT-NS-1 (velmi rychlá; doporučeno pro > 2000 sekvencí; progresivní
    metody s hrubým průchodem stromu),
  * NW-NS-PartTree-1 (doporučena pro ~50 000 sekvencí; progresivní metoda
    s algoritmem PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• rec: blast2

  Package not available

• rec: libwww-perl

  simple and consistent interface to the world-wide web

• rec: lynx

  classic non-graphical (text-mode) web browser

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[list of files]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[list of files]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kB	12,408.0 kB	[list of files]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[list of files]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[list of files]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[list of files]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[list of files]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[list of files]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[list of files]