Paketti: mafft (7.505-1 ja muut)

[ Source: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Tagit: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin mafft liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.29) [ei alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• rec: blast2

  Paketti ei saatavilla

• rec: libwww-perl

  simple and consistent interface to the world-wide web

• rec: lynx

  classic non-graphical (text-mode) web browser

• rec: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Imuroi mafft

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	7.505-1	1,032.8 kt	15,184.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	7.505-1	1,052.5 kt	11,920.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	7.505-1+b1	937.9 kt	12,408.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	7.505-1	916.0 kt	12,403.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	7.505-1	765.3 kt	9,139.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	7.505-1	890.5 kt	11,092.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	7.505-1	983.3 kt	13,119.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	7.505-1	1,103.2 kt	24,053.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	7.505-1	968.3 kt	10,923.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	7.505-1	873.9 kt	14,427.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	7.505-1	1,036.3 kt	16,784.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kt	16,336.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kt	9,760.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	7.505-1	891.0 kt	13,010.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	7.505-1	879.0 kt	11,959.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	7.505-1	1,056.5 kt	33,604.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	7.505-1	1,041.3 kt	11,379.0 kt	[tiedostoluettelo]