Pacote: mafft (7.475-1)

[ Fonte: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Etiquetas: Biologia: Clustal/ALN, Proteínas, Campo: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::comparing, works-with-format::plaintext, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a mafft

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• rec: blast2

  Pacote não disponível

• rec: libwww-perl

  interface simples e coerente para a www

• rec: lynx

  navegador web (em modo texto) não gráfico clássico

• rec: ruby

  interpretador da linguagem de scripts orientada a objetos Ruby (versão padrão)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Download de mafft

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,026.2 kB	11,507.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	900.9 kB	10,763.0 kB	[lista de arquivos]
armel	893.9 kB	11,232.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	748.4 kB	7,644.0 kB	[lista de arquivos]
i386	961.2 kB	12,752.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	858.5 kB	12,805.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	913.4 kB	12,504.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	973.3 kB	15,693.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	875.0 kB	12,635.0 kB	[lista de arquivos]