Package: hmmer (3.4+dfsg-2 and others)

[ Source: hmmer  ]

perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

HMMER é uma implementação do métodos de perfil "hidden Markov model" (modelo Markov oculto) para buscas sensíveis de bases de dados de seqüências biológicas usando múltiplas seqüências de alinhamento como consultas.

Dada uma múltipla seqüência de alinhamento como entrada, HMMER constrói um modelo estatístico chamado "hidden Markov model" (modelo Markov oculto) que pode então ser usado como uma consulta em um banco de dados de seqüências para encontrar (e/ou alinhar) homólogos adicionais da família da seqüência.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::searching, works-with-format::plaintext, Works with: Databases

Other Packages Related to hmmer

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
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• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.1b2-1	1,129.7 kB	13,177.0 kB	[list of files]
amd64	3.4+dfsg-2	1,037.5 kB	6,466.0 kB	[list of files]
arm64	3.4+dfsg-2+b1	954.2 kB	7,122.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.1b2-1	969.6 kB	10,721.0 kB	[list of files]
i386	3.4+dfsg-2	1,068.1 kB	6,187.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.1b2-1	850.4 kB	8,566.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,011.3 kB	6,929.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.1b2-1	908.8 kB	8,358.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.1b2-1	840.5 kB	9,376.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,049.1 kB	6,365.0 kB	[list of files]