Pacote: hmmer (3.3.2+dfsg-1)

[ Fonte: hmmer  ]

perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

HMMER é uma implementação do métodos de perfil "hidden Markov model" (modelo Markov oculto) para buscas sensíveis de bases de dados de seqüências biológicas usando múltiplas seqüências de alinhamento como consultas.

Dada uma múltipla seqüência de alinhamento como entrada, HMMER constrói um modelo estatístico chamado "hidden Markov model" (modelo Markov oculto) que pode então ser usado como uma consulta em um banco de dados de seqüências para encontrar (e/ou alinhar) homólogos adicionais da família da seqüência.

Etiquetas: Biologia: Clustal/ALN, Proteínas, Campo: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::searching, works-with-format::plaintext, Funciona com: Bancos de dados

Outros pacotes relacionados a hmmer

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.3.2+dfsg-1)

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

Download de hmmer

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1,126.1 kB	7,293.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1,144.7 kB	7,031.0 kB	[lista de arquivos]