Package: hmmer (3.4+dfsg-2 and others)

[ Source: hmmer  ]

profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

HMMER è un'implementazione di metodi per creazione di profili di modelli di Markov nascosti per effettuare ricerche accurate in database di sequenze biologiche, usando allineamenti multipli di sequenza come base per le interrogazioni.

Dato in input un allineamento multiplo di sequenza, HMMER crea un modello statistico chiamato "modello di Markov nascosto" che può essere usato come criterio per l'interrogazione di un database di sequenze allo scopo di trovare (o allineare) omologhi addizionali della famiglia di sequenze.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::searching, works-with-format::plaintext, Works with: Databases

Other Packages Related to hmmer

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profilo di modelli di Markov nascosti per l'analisi di sequenze proteiche (documentazione)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.1b2-1	1,129.7 kB	13,177.0 kB	[list of files]
amd64	3.4+dfsg-2	1,037.5 kB	6,466.0 kB	[list of files]
arm64	3.4+dfsg-2+b1	954.2 kB	7,122.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.1b2-1	969.6 kB	10,721.0 kB	[list of files]
i386	3.4+dfsg-2	1,068.1 kB	6,187.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.1b2-1	850.4 kB	8,566.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,011.3 kB	6,929.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.1b2-1	908.8 kB	8,358.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.1b2-1	840.5 kB	9,376.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,049.1 kB	6,365.0 kB	[list of files]