Package: hmmer (3.4+dfsg-2 and others)

[ Source: hmmer  ]

Markovy modely pro analýzu proteinových sekvencí

HMMER je implementací Markovy metody pro hledání biologických sekvencí pomocí vícenásobných sekvenčních uspořádání.

Na základě vstupu, HMMER vytvoří statistický model nazývaný "skrytý Markovův model", který je možno použití pro vytvoření dotazů do databáze sekvencí a pro nalezení (a/nebo uspořádání) dodatečných souhlasných rodin.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::searching, works-with-format::plaintext, Works with: Databases

Other Packages Related to hmmer

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

Download hmmer

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.1b2-1	1,129.7 kB	13,177.0 kB	[list of files]
amd64	3.4+dfsg-2	1,037.5 kB	6,466.0 kB	[list of files]
arm64	3.4+dfsg-2+b1	954.2 kB	7,122.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.1b2-1	969.6 kB	10,721.0 kB	[list of files]
i386	3.4+dfsg-2	1,068.1 kB	6,187.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.1b2-1	850.4 kB	8,566.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,011.3 kB	6,929.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.1b2-1	908.8 kB	8,358.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.1b2-1	840.5 kB	9,376.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.4+dfsg-2	1,049.1 kB	6,365.0 kB	[list of files]