パッケージ: hmmer (3.4+dfsg-2 など)

[ ソース: hmmer  ]

タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

HMMER は、プロファイル隠れマルコフモデル法の実装であり、多重配列アライメン トをクエリー (問い合わせ) として用いた生物学配列データベースの感度の高い検 索を行うためのものです。

入力として多重配列アライメントを与えると、HMMER は "隠れマルコフモデル" と 呼ばれる統計モデルを構築します。このモデルをさらにクエリーとして、配列デー タベースから、配列ファミリの追加のホモログ　(相同体) を検索する (またはアラ イメントする) ことができます。

タグ: 生物学: Clustal/ALN, タンパク質, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::searching, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: データベース

その他の hmmer 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

hmmer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.1b2-1	1,129.7 kB	13,177.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.4+dfsg-2	1,037.5 kB	6,466.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.4+dfsg-2	932.4 kB	7,248.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	3.1b2-1	969.6 kB	10,721.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3.4+dfsg-2	1,068.1 kB	6,187.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	3.1b2-1	850.4 kB	8,566.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	3.4+dfsg-2	1,011.3 kB	6,929.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	3.1b2-1	908.8 kB	8,358.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	3.1b2-1	840.5 kB	9,376.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	3.4+dfsg-2	1,049.1 kB	6,365.0 kB	[ファイル一覧]