Pacote: hinge (0.5.0-7 e outros)

[ Fonte: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Outros pacotes relacionados a hinge

• dep: daligner

  descoberta de alinhamento local entre longas leituras de sequenciamento de nucleotídeos

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, hppa, loong64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [não alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Pacote não disponível

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Pacote não disponível

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não hppa, ppc64, sparc64, x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  pacote virtual fornecido por python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: python3 [não hppa, ppc64, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap [não hppa, ppc64, sparc64]

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib [não hppa, ppc64, sparc64]

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-networkx [não hppa, ppc64, sparc64]

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy [não hppa, ppc64, sparc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pbcore [não hppa, ppc64, sparc64]

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson [não hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armel, armhf, m68k]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]

Download de hinge

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.5.0-7	478.9 kB	3,840.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.5.0-7+b3	466.2 kB	3,096.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.5.0-7+b3	417.0 kB	3,124.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.5.0-7+b2	399.4 kB	2,775.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.5.0-7+b2	403.3 kB	2,195.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.5.0-2	366.1 kB	2,439.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.5.0-7+b3	459.8 kB	3,215.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.5.0-7+b1	432.5 kB	3,124.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.5.0-7+b2	409.4 kB	2,911.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.5.0-7+b2	395.8 kB	3,429.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.5.0-2	367.3 kB	3,140.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.5.0-7+b2	443.2 kB	3,572.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.5.0-7+b2	453.3 kB	2,492.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.5.0-2	328.1 kB	2,445.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.5.0-6	530.1 kB	3,850.0 kB	[lista de arquivos]