[ ソース: hinge ]
パッケージ: hinge (0.5.0-7 など)
long read genome assembler based on hinging
HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.
その他の hinge 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: daligner
- ロングリードヌクレオチド配列間のローカルアラインメント発見
-
- dep: dascrubber
- alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
-
- dep: dazzdb
- manage nucleotide sequencing read data
-
- dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.27) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, hppa, loong64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
- dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
-
- dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32 以外]
- fast type-safe C++ formatting library -- library
-
- dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha]
- fast type-safe C++ formatting library -- library
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]
- パッケージは利用できません
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]
-
- dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgomp1 (>= 4.2.1)
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ppc64, sparc64, x32 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]
-
- dep: python [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-pbcore
-
- dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python3 [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-colormap [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)
-
- dep: python3-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- Python based plotting system in a style similar to Matlab
-
- dep: python3-networkx [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
-
- dep: python3-numpy [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- Python library for numerical computations (Python 3)
-
- dep: python3-pbcore [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- Python 3 library for processing PacBio data files
-
- dep: python3-ujson [hppa, ppc64, sparc64 以外]
- ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, m68k 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]
hinge のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 0.5.0-7 | 478.9 kB | 3,840.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 0.5.0-7+b3 | 466.2 kB | 3,096.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 0.5.0-7+b3 | 417.0 kB | 3,124.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 0.5.0-7+b2 | 399.4 kB | 2,775.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 0.5.0-7+b3 | 405.5 kB | 2,351.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 0.5.0-2 | 366.1 kB | 2,439.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 0.5.0-7+b3 | 459.8 kB | 3,215.0 kB | [ファイル一覧] |
| loong64 (非公式の移植版) | 0.5.0-7+b1 | 432.5 kB | 3,124.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 0.5.0-7+b2 | 409.4 kB | 2,911.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 0.5.0-7+b2 | 395.8 kB | 3,429.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 0.5.0-2 | 367.3 kB | 3,140.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 0.5.0-7+b2 | 443.2 kB | 3,572.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 0.5.0-7+b2 | 453.3 kB | 2,492.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 0.5.0-2 | 328.1 kB | 2,445.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 0.5.0-6 | 530.1 kB | 3,850.0 kB | [ファイル一覧] |