Paquet : hinge (0.5.0-7 et autres)

[ Paquet source : hinge  ]

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

HINGE est un « assembleur » pour le génome qui cherche à réaliser une résolution optimale des répétitions en distinguant les répétitions qui peuvent être résolues pour des données de celles qui ne le peuvent pas. Cela est obtenu en ajoutant des « charnières » (hinge) aux lectures pour construire un graphe de chevauchements où les répétitions non résolues sont fusionnées. Au final, HINGE combine la résilience aux erreurs des assembleurs basés sur les chevauchements avec les capacités de résolution de répétitions des assembleurs basés sur les graphes de de Bruijn.

Autres paquets associés à hinge

• dep: daligner

  alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [non alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non hppa, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  paquet virtuel fourni par python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: python3 [non hppa, ppc64, sparc64]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-colormap [non hppa, ppc64, sparc64]

  manipulation aisée des tables de couleurs de matplotlib et des codecs de couleur – Python 3

• dep: python3-matplotlib [non hppa, ppc64, sparc64]

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-networkx [non hppa, ppc64, sparc64]

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy [non hppa, ppc64, sparc64]

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: python3-pbcore [non hppa, ppc64, sparc64]

  bibliothèque de Python 3 pour traiter les fichiers de données de PacBio

• dep: python3-ujson [non hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, m68k]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]

Télécharger hinge

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.5.0-7	478,9 ko	3 840,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.5.0-7+b3	466,2 ko	3 096,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.5.0-7+b3	417,0 ko	3 124,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.5.0-7+b2	399,4 ko	2 775,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.5.0-7+b2	403,3 ko	2 195,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.5.0-2	366,1 ko	2 439,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.5.0-7+b3	459,8 ko	3 215,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.5.0-7+b2	409,4 ko	2 911,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.5.0-7+b2	395,8 ko	3 429,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.5.0-2	367,3 ko	3 140,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.5.0-7+b2	443,2 ko	3 572,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.5.0-7+b2	453,3 ko	2 492,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.5.0-2	328,1 ko	2 445,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.5.0-6	530,1 ko	3 850,0 ko	[liste des fichiers]