Пакунок: hinge (0.5.0-7 and others)

[ Source: hinge  ]

long read genome assembler based on hinging

HINGE is a genome assembler that seeks to achieve optimal repeat resolution by distinguishing repeats that can be resolved given the data from those that cannot. This is accomplished by adding “hinges” to reads for constructing an overlap graph where only unresolvable repeats are merged. As a result, HINGE combines the error resilience of overlap-based assemblers with repeat-resolution capabilities of de Bruijn graph assemblers.

Інші пакунки пов'язані з hinge

• dep: daligner

  Вирівнювання довгих нуклеотидних послідовностей

• dep: dascrubber

  alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

• dep: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.7) [ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [not alpha, hppa, ppc64, sparc64, x32]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1) [alpha]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

  Пакунок недоступний

  dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Пакунок недоступний

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, ppc64, sparc64, x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: python [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-colormap [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-configparser [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-matplotlib [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-networkx [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-numpy [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python-pbcore [hppa, ppc64, sparc64]

  virtual package provided by python3-pbcore

• dep: python-ujson [hppa, ppc64, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: python3 [not hppa, ppc64, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-colormap [not hppa, ppc64, sparc64]

  ease manipulation of matplotlib colormaps and color codecs (Python 3)

• dep: python3-matplotlib [not hppa, ppc64, sparc64]

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-networkx [not hppa, ppc64, sparc64]

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy [not hppa, ppc64, sparc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pbcore [not hppa, ppc64, sparc64]

  Python 3 library for processing PacBio data files

• dep: python3-ujson [not hppa, ppc64, sparc64]

  ultra fast JSON encoder and decoder for Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, m68k]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, m68k]

Завантажити hinge

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	0.5.0-7	478.9 kB	3,840.0 kB	[список файлів]
amd64	0.5.0-7+b3	466.2 kB	3,096.0 kB	[список файлів]
arm64	0.5.0-7+b3	417.0 kB	3,124.0 kB	[список файлів]
armel	0.5.0-7+b2	399.4 kB	2,775.0 kB	[список файлів]
armhf	0.5.0-7+b2	403.3 kB	2,195.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	0.5.0-2	366.1 kB	2,439.0 kB	[список файлів]
i386	0.5.0-7+b3	459.8 kB	3,215.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.5.0-7+b2	409.4 kB	2,911.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.5.0-7+b2	395.8 kB	3,429.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	0.5.0-2	367.3 kB	3,140.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.5.0-7+b2	443.2 kB	3,572.0 kB	[список файлів]
riscv64	0.5.0-7+b2	453.3 kB	2,492.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	0.5.0-2	328.1 kB	2,445.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	0.5.0-6	530.1 kB	3,850.0 kB	[список файлів]