Pacote: bedtools (2.30.0+dfsg-1)

[ Fonte: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Suíte, Propósito: use::analysing, use::comparing, Conversão de dados, use::filtering, works-with::biological-sequence

Outros pacotes relacionados a bedtools

• dep: libbz2-1.0

  bib. de alta qualid. de compactação de arqs. bas. em ordenação de blocos - exec

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

  biblioteca de compressão para formato XZ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de bedtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	647.5 kB	2,060.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	565.4 kB	1,864.0 kB	[lista de arquivos]
armel	535.4 kB	1,759.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	559.3 kB	1,275.0 kB	[lista de arquivos]
i386	708.4 kB	2,275.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	585.1 kB	2,591.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	603.6 kB	2,459.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	663.0 kB	2,520.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	567.1 kB	2,100.0 kB	[lista de arquivos]