Pacote: megadepth (1.2.0-4 e outros)

[ Fonte: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Outros pacotes relacionados a megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [não arm64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Download de megadepth

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1.2.0-4+b1	81.0 kB	275.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.2.0-4+b2	72.4 kB	275.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.2.0-4+b1	70.9 kB	234.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.2.0-4+b1	72.5 kB	178.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.2.0-4+b1	84.1 kB	274.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.2.0-4+b1	71.9 kB	282.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83.3 kB	339.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.2.0-4+b2	79.8 kB	219.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.2.0-4+b1	82.1 kB	271.0 kB	[lista de arquivos]