Pakiet: r-bioc-genomicalignments (1.42.0-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-genomicalignments  ]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

This BioConductor package provides efficient containers for storing and manipulating short genomic alignments (typically obtained by aligning short reads to a reference genome). This includes read counting, computing the coverage, junction detection, and working with the nucleotide content of the alignments.

Inne pakiety związane z r-bioc-genomicalignments

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: r-api-3.4 [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-4.0 [nie m68k, sparc64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.20 [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

  dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.3) [m68k, sparc64]

  generic functions for Bioconductor

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0) [nie m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

  GNU R string objects representing biological sequences

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [sparc64]

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.55.7) [nie m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.13.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.29.14) [m68k]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.33.4) [sparc64]

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5) [hppa, ia64, sh4, x32]

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.55.3) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.11.16) [m68k]

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.15.12) [sparc64]

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9) [nie m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4) [m68k]

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

  dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [nie m68k]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.13) [m68k]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.19.11) [sparc64]

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12) [nie m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.5.3) [m68k]

  BioConductor assay container

  dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.9.13) [nie m68k]

• rec: r-bioc-shortread (>= 1.24.0)

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• rec: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

• sug: r-bioc-biocstyle [nie m68k, sparc64]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

• sug: r-bioc-deseq2 [nie m68k, sparc64]

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-edger [nie sparc64]

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-shortread [nie sparc64]

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit [nie sparc64]

  GNU R package providing unit testing framework

Pobieranie r-bioc-genomicalignments

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.42.0-2	2 109,5 KiB	3 453,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.42.0-2	2 110,4 KiB	3 397,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.42.0-2	2 109,8 KiB	3 453,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.38.2-1	2 092,9 KiB	2 965,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.38.2-1	2 095,1 KiB	3 004,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.14.0-1	1 648,5 KiB	2 183,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.42.0-2	2 107,7 KiB	3 459,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.42.0-2	2 112,9 KiB	3 454,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.42.0-2	2 111,7 KiB	3 453,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.42.0-2	2 110,4 KiB	3 385,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.42.0-2	2 109,5 KiB	3 397,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.38.2-1	2 091,9 KiB	2 955,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.18.1-1	2 048,6 KiB	2 867,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.34.0-1	2 063,0 KiB	2 904,0 KiB	[lista plików]