Pakiet: megadepth (1.2.0-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Inne pakiety związane z megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Pobieranie megadepth

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 KiB	275,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.2.0-4+b1	71,0 KiB	275,0 KiB	[lista plików]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 KiB	234,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 KiB	178,0 KiB	[lista plików]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 KiB	274,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 KiB	282,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 KiB	339,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 KiB	271,0 KiB	[lista plików]