パッケージ: spaln (3.0.2+dfsg-2 など)

[ ソース: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

その他の spaln 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [riscv64 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [riscv64 以外]

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

spaln のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3.0.2+dfsg-2+b1	567.9 kB	1,945.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.0.2+dfsg-2+b1	510.3 kB	2,231.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.0.2+dfsg-2+b1	541.2 kB	2,360.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.0.2+dfsg-2+b1	573.3 kB	2,616.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.0.2+dfsg-2+b1	656.4 kB	3,350.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3.0.2+dfsg-2+b1	582.8 kB	2,061.0 kB	[ファイル一覧]