パッケージ: mummer (3.23+dfsg-8 など)

[ ソース: mummer  ]

遺伝子全体の効率的な配列アライメント

MUMmer は完全な形式又はドラフトの形式かどうかにかかわらず、遺伝子全体を高速に アライメントするためのシステムです。例えば、MUMmer 3.0 は 2.4 GHz CPU を搭載した Linux デスクトップコンピュータ上で 78 MB のメモリを使って 5 メガバイトの ゲノムの対から 20 basepair 又はより長い完全マッチングを全て 13.7 秒で発見できます。 MUMmer は不完全なゲノムもアライメントできます; shotgun アライメントプロジェクト 由来の 100 個又は 1000 個の contig を簡単に処理でき、それらを他の contig や システムに含まれる NUCmer プログラムを使った遺伝子にアライメントできます。 種が DNA 配置アライメントには分散しすぎて類似性を見つけられない場合、PROmer プログラムは両者の入力配列の 6 フレーム変換に基づき配列を生成できます。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with-format::TODO, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の mummer 関連パッケージ

• dep: gawk

  GNU awk - パターン検索 & 処理言語

• dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, arm64, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [arm64, riscv64 以外]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

mummer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	654.6 kB	3,963.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.23+dfsg-8	646.2 kB	3,307.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628.2 kB	3,827.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3.23+dfsg-8	616.5 kB	3,745.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3.23+dfsg-8	612.8 kB	3,361.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	643.0 kB	3,175.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3.23+dfsg-8	653.4 kB	3,297.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	702.7 kB	4,138.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	633.3 kB	3,193.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.23+dfsg-8	651.6 kB	4,009.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	651.1 kB	4,083.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655.8 kB	4,019.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648.4 kB	3,067.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3.23+dfsg-8	622.6 kB	3,286.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	655.9 kB	3,748.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	621.6 kB	20,626.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	3.23+dfsg-8	643.1 kB	3,173.0 kB	[ファイル一覧]