Package: pbbamtools (2.4.0+dfsg-1 and others)

[ Source: pbbam  ]

elaborazione di file binari di allineamenti/mappatura di Pacific Biosciences

Il formato BAM è un formato di contenitore binario, compresso, orientato ai record per letture di sequenze allineate o grezze. Il formato SAM associato è una rappresentazione testuale degli stessi dati. Le specifiche per BAM/SAM sono mantenute dal SAM/BAM Format Specification Working Group.

I file BAM prodotti da PacBio sono pienamente compatibili con la specifica BAM, ma fanno uso dei meccanismi di estensione della specifica BAM per codificare informazioni specifiche per PacBio.

Questo pacchetto fornisce le utilità a riga di comando per lavorare con file BAM di PacBio.

Other Packages Related to pbbamtools

• dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not ia64, m68k, sh4]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

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  libreria di supporto a GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [m68k, sh4]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not m68k, sh4]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libpbbam1.3.0 (= 1.3.0+dfsg-2) [m68k, sh4]

  libreria per Binary Alignment/Map (BAM) di Pacific Biosciences

• dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b3) [ia64]

  libreria per Binary Alignment/Map (BAM) di Pacific Biosciences

  dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b4) [not ia64, m68k, sh4]

• dep: libpbcopper1.3.0 (>= 1.4.0+dfsg) [m68k, sh4]

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libpbcopper2.3.0 (>= 2.3.0+dfsg) [not m68k, sh4]

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not m68k, sh4]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.4.0+dfsg-1+b4	122.5 kB	686.0 kB	[list of files]
amd64	2.4.0+dfsg-1+b4	133.8 kB	479.0 kB	[list of files]
arm64	2.4.0+dfsg-1+b4	116.9 kB	619.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.4.0+dfsg-1+b3	145.0 kB	712.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.3.0+dfsg-2	79.1 kB	274.0 kB	[list of files]
mips64el	2.4.0+dfsg-1+b4	120.7 kB	702.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.4.0+dfsg-1+b4	127.2 kB	683.0 kB	[list of files]
riscv64	2.4.0+dfsg-1+b4	123.5 kB	363.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.3.0+dfsg-2	88.0 kB	256.0 kB	[list of files]