Paquet : pbbamtools (2.4.0+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : pbbam  ]

processing Pacific Biosciences binary alignment/map files

The BAM format is a binary, compressed, record-oriented container format for raw or aligned sequence reads. The associated SAM format is a text representation of the same data. The specifications for BAM/SAM are maintained by the SAM/BAM Format Specification Working Group.

PacBio-produced BAM files are fully compatible with the BAM specification, but makes use of the extensibility mechanisms of the BAM specification to encode PacBio-specific information.

This package provides command-line utilities for working with PacBio BAM files.

Autres paquets associés à pbbamtools

• dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, m68k, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [m68k, sh4]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non m68k, sh4]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libpbbam1.3.0 (= 1.3.0+dfsg-2) [m68k, sh4]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

• dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b3) [ia64]

  Pacific Biosciences binary alignment/map (BAM) library

  dep: libpbbam2.4.0 (= 2.4.0+dfsg-1+b4) [non ia64, m68k, sh4]

• dep: libpbcopper1.3.0 (>= 1.4.0+dfsg) [m68k, sh4]

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libpbcopper2.3.0 (>= 2.3.0+dfsg) [non m68k, sh4]

  data structures, algorithms, and utilities for C++ applications

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non m68k, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger pbbamtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4.0+dfsg-1+b4	122,5 ko	686,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.4.0+dfsg-1+b4	133,8 ko	479,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4.0+dfsg-1+b4	116,9 ko	619,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.4.0+dfsg-1+b3	145,0 ko	712,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.3.0+dfsg-2	79,1 ko	274,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4.0+dfsg-1+b4	120,7 ko	702,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4.0+dfsg-1+b4	127,2 ko	683,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.4.0+dfsg-1+b4	123,5 ko	363,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.3.0+dfsg-2	88,0 ko	256,0 ko	[liste des fichiers]