Package: bowtie (1.3.1-3 and others)

[ Source: bowtie  ]

allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

Questo pacchetto affronta il problema di interpretare i risultati delle più recenti (2010) tecnologie di sequenziamento del DNA. Esse restituiscono pezzi piuttosto corti che non possono essere interpretate direttamente. La sfida per gli strumenti come Bowtie è quella di fornire una posizione nei cromosomi per i brevi frammenti di DNA sequenziati in ogni corsa.

Bowtie allinea sequenze (letture) brevi di DNA al genoma umano a una velocità di oltre 25 milioni di 35 bp all'ora. Bowtie indicizza il genoma con un indice Burrows-Wheeler per mantenere piccola la propria impronta di memoria: tipicamente circa 2,2 GB per il genoma umano (2,9 GB per le estremità accoppiate).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Package not available

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Package not available

• dep: libstdc++6 [x32]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [not hppa, sh4, x32]

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not hppa, sh4, x32]

  libreria di compressione - runtime

• sug: bowtie-examples

  esempi per bowtie, l'allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

Download bowtie

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.1-3	1,333.8 kB	8,673.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.1-3	1,588.9 kB	6,845.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1-3+b1	1,305.9 kB	6,738.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.0-6	894.0 kB	3,548.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1-3	1,050.6 kB	8,129.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,328.0 kB	8,145.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1-3	1,370.8 kB	7,889.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.1-3	1,510.0 kB	5,365.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1-3	1,530.6 kB	6,969.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.0-6	860.1 kB	3,077.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,149.4 kB	14,721.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.1-2	878.8 kB	3,264.0 kB	[list of files]