Package: bowtie (1.3.1-1 and others)

[ Source: bowtie  ]

allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

Questo pacchetto affronta il problema di interpretare i risultati delle più recenti (2010) tecnologie di sequenziamento del DNA. Esse restituiscono pezzi piuttosto corti che non possono essere interpretate direttamente. La sfida per gli strumenti come Bowtie è quella di fornire una posizione nei cromosomi per i brevi frammenti di DNA sequenziati in ogni corsa.

Bowtie allinea sequenze (letture) brevi di DNA al genoma umano a una velocità di oltre 25 milioni di 35 bp all'ora. Bowtie indicizza il genoma con un indice Burrows-Wheeler per mantenere piccola la propria impronta di memoria: tipicamente circa 2,2 GB per il genoma umano (2,9 GB per le estremità accoppiate).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• sug: bowtie-examples

  esempi per bowtie, l'allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.1-1+b1	1,588.6 kB	6,789.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1-1+b1	1,208.3 kB	6,293.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1-1+b1	1,049.6 kB	8,197.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1-1+b1	1,390.6 kB	8,277.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1-1+b1	1,315.8 kB	6,745.0 kB	[list of files]