Paket: bowtie (1.3.1-3 und andere)

[ Quellcode: bowtie  ]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Dieses Paket beschäftigt sich mit dem Problem die Resultate der neuesten (2010) DNA-Sequenziertechniken zu interpretieren. Diese Techniken ergeben ziemlich kurze Sequenzen, die nicht direkt interpretiert werden können. Es ist die Aufgabe für Werkzeuge wie Bowtie den chromosomalen Ort (Locus) der kurzen DNA-Sequenzen festzustellen.

Bowtie führt Alignments kurzer DNA-Sequenzen (Reads) mit dem menschlichen Genom durch, mit einer Rate von über 25 Millionen Reads (mit einer Länge von 35 Basenpaaren) pro Stunde. Bowtie indiziert das Genom mit einer Burrows-Wheeler-Transformation, um den Speicherverbrauch gering zu halten; normalerweise etwa 2,2 GB für das menschliche Genom (2,9 GB für »paired- end«).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, scope::utility, Zweck: Analyse, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, arm64, hppa, loong64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, riscv64, sh4, sparc64, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Paket nicht verfügbar

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libstdc++6 [x32]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [nicht hppa, sh4, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [nicht hppa, sh4, x32]

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• sug: bowtie-examples

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen - Beispiele

bowtie herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.3.1-3	1.333,8 kB	8.673,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.3.1-3	1.588,9 kB	6.845,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.1-3+b2	1.286,3 kB	6.738,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.0.0-6	894,0 kB	3.548,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-3	1.234,9 kB	6.193,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.3.1-3	1.050,6 kB	8.129,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-3	1.328,0 kB	8.145,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.1-3	1.370,8 kB	7.889,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.3.1-3	1.510,0 kB	5.365,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.1-3	1.530,6 kB	6.969,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.0.0-6	860,1 kB	3.077,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-3	1.149,4 kB	14.721,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.0.1-2	878,8 kB	3.264,0 kB	[Liste der Dateien]