Paquet : bowtie (1.3.1-3 et autres)

[ Paquet source : bowtie  ]

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN. Celles-ci produiront des étirements assez courts et qui ne peuvent pas directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner un emplacement chromosomique aux courts étirements de l'ADN séquencé à chaque exécution.

Bowtie aligne des (lectures de) séquences d'ADN du génome humain à un débit de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour garder une faible empreinte mémoire : typiquement environ 2,2 Go pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux extrémités).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, scope::utility, But: Analyse, use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Paquet indisponible

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Paquet indisponible

• dep: libstdc++6 [x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [non hppa, sh4, x32]

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [non hppa, sh4, x32]

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: bowtie-examples

  exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

Télécharger bowtie

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.3.1-3	1 333,8 ko	8 673,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.3.1-3	1 588,9 ko	6 845,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.1-3	1 218,5 ko	6 481,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.0-6	894,0 ko	3 548,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.1-3	1 050,6 ko	8 129,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.3.1-3	1 328,0 ko	8 145,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.1-3	1 370,8 ko	7 889,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.1-3	1 510,0 ko	5 365,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.1-3	1 530,6 ko	6 969,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.0-6	860,1 ko	3 077,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.3.1-3	1 149,4 ko	14 721,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.1-2	878,8 ko	3 264,0 ko	[liste des fichiers]