Package: bowtie (1.3.1-3 and others)

[ Source: bowtie  ]

초고속 메모리 효율적인 짧은 읽기 정렬기

이 패키지는 최신 (2010) DNA 염기서열 분석 기술의 결과를 해석하기 위해 문제를 해결합니다. 이는 상당히 짧은 범위를 생성하며 작접적으로 해석할 수 없습니다. Bowtie와 같은 도구는 실행당 시퀀싱된 DNA의 짧은 길이에 염색체 위치를 제공하는 것은 어려운 일입니다.

Bowtie는 짧은 DNA 서열 (읽기)을 시간당 2,500만 개 이상의 35bp 시간당 읽기 속도로 인간 게놈에 정렬합니다. Bowtie는 메모리 공간을 작게 유지하기 위해 Burrows-Wheeler 인덱스로 게놈을 인덱스화합니다: 일반적으로 인간 게놈의 경우 2.2GB (페어드 엔드의 경우 2.9GB) 입니다.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]

  GCC 기능 지원 라이브러리

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgcc1 [x32]

  Package not available

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Package not available

• dep: libstdc++6 [x32]

  GNU 표준 C++ 라이브러리 v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, hppa, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 4.4.0) [hppa, sh4]

• dep: python3 [not hppa, sh4, x32]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not hppa, sh4, x32]

  압축 라이브러리 - 런타임

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Download bowtie

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.1-3	1,333.8 kB	8,673.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.1-3	1,588.9 kB	6,845.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1-3+b1	1,305.9 kB	6,738.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.0-6	894.0 kB	3,548.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1-3	1,050.6 kB	8,129.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,328.0 kB	8,145.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1-3	1,370.8 kB	7,889.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.1-3	1,510.0 kB	5,365.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1-3	1,530.6 kB	6,969.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.0-6	860.1 kB	3,077.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.3.1-3	1,149.4 kB	14,721.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.1-2	878.8 kB	3,264.0 kB	[list of files]